Στην Αγορά, τον κεντρικό και νότιο χώρο κατέλαβε γύρω στο 400 μ.Χ. ένα μεγάλο συγκρότημα κτηρίων, πιθανότατα γυμνάσιο ή παλάτι. Η Θόλος επισκευάστηκε, ενώ στη θέση του Μητρώου χτίστηκε μία τρίκλιτη βασιλική (ισως εβραϊκή συναγωγή). Στα ανατολικά της Αγοράς, ο ανατολικός τοίχος της ερειπωμένης στοάς του Αττάλου χρησιμοποιήθηκε ως μέρος του υστερορωμαϊκού τείχους μετά την πρόσθεση σε αυτήν τριών πύργων. Στα δυτικά, ο Ναός του Ηφαίστου μετατράπηκε στα μέσα του 5ου αιώνα σε εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Γεώργιο.