Οι γιοι του Πεισίστρατου, Ιππίας και Ίππαρχος κυβέρνησαν την Αθήνα μετά τον θάνατο του πατέρα τους. Το 514 π.Χ. δολοφονήθηκε ο Ίππαρχος στην Αγορά της Αθήνας από τους «Τυραννοκτόνους» Αρμόδιο και Αριστογείτονα. Μετά την πτώση της τυραννίας, μία νέα εποχή ξημέρωσε για την Αθήνα. Το 504 π.Χ. ο Κλεισθένης εισήγαγε μία νέα μορφή πολιτεύματος, τη Δημοκρατία. Το νέο αυτό πολίτευμα απαιτούσε την οικοδόμηση νέων, δημόσιων αυτή τη φορά, κτηρίων στην περιοχή της Αγοράς.
Στην Ακρόπολη ξεκίνησε νέο οικοδομικό πρόγραμμα κυρίως μετά την μάχη του Μαραθώνα. Στη δεύτερη περίοδο των Περσικών πολέμων, το 480 π.Χ., βλέποντας τους Πέρσες να πλησιάζουν, οι Αθηναίοι με τον στόλο τους εγκατέλειψαν την πόλη και εγκαταστάθηκαν προσωρινά στη Σαλαμίνα. Τον Σεπτέμβριο, οι Πέρσες μπήκαν στην Αθήνα και κατέστρεψαν όλα τα ιερά και την Ακρόπολη. Το καλοκαίρι του επόμενου έτους οι Πέρσες κατέστρεψαν ολοκληρωτικά την πόλη, έχοντας εισβάλλει για δεύτερη φορά. Μετά την οριστική νίκη των Ελλήνων και την υποχώρηση των Περσών, οι κάτοικοι επέστρεψαν.
Παρά τον όρκο που είχαν δώσει μαζί με τους υπόλοιπους Έλληνες να μην ξαναχτίσουν τα ιερά που κατέστρεψαν οι Πέρσες και να αφήσουν τα ερείπια για να θυμούνται τα δεινά του πολέμου, το οικοδομικό πρόγραμμα συνεχίστηκε κανονικά. Τα ερείπια του αρχαϊκού ναού της Αθηνάς Πολιάδος στην Ακρόπολη έμειναν ως ήταν και ξεκίνησε το χτίσιμο ενός καινούργιου ναού της Αθηνάς λίγο πιο νότια, του Παρθενώνα. Αρχιτεκτονικά μέλη των κατεστραμμένων ναών χρησιμοποιήθηκαν λίγο αργότερα στο βόρειο τείχος ώστε να είναι ορατά από την Αγορά για να θυμίζουν τον πόλεμο. Στο ίδιο σημείο διακρίνονται και σήμερα.